Selon le rapport public annuel de la Cour des comptes, la filière de l’éthanol reste pénalisée par une distribution insuffisante, de telle sorte que l’objectif d’incorporation de ce biocarburant dans l’essence « ne semble pas atteignable à court et moyen terme ».

La France veut atteindre d’ici à 2020 un taux d’incorporation de 7% pour l’éthanol mélangé à l’essence et de 7,7% pour le biodiesel adjoint au gazole. Il n’a actuellement pas dépassé le cap  des 7% pour l’éthanol(6,11% en 2014 et 6,4 % en 2015 selon la Confédération Générale des planteurs de Betteraves), contrairement à la filière du biodiesel. La Cour recommande ainsi de faire "diminuer le taux de la taxe générale des activités polluantes (TGAP) tout en conservant un niveau suffisamment incitatif."

L’objectif général de la TGAP est en effet de « pousser » les opérateurs qui mettent à la consommation des carburants à incorporer des biocarburants, sous peine de pénalités. Mais selon la ministre de l’Ecologie, " baisser cette taxe comme le propose la Cour des comptes alors que les prix du carburant sont actuellement au plus bas du fait de la chute des cours du brut (…) risque d’inciter les opérateurs à ne plus incorporer l’éthanol " explique-t-elle dans sa réponse aux observations de la Cour. Malgré ces incitations fiscales, il faudrait donc que la taxe reste suffisamment élevée pour inciter l’incorporation...

En outre, la Cour a proposé d’harmoniser les régimes de déductibilité de TVA pour les parcs de véhicules professionnels diesel et essence, à recettes constantes pour l’Etat. En élargissant le marché du SP95-E10, "cette mesure permettrait à la filière éthanol de se rapprocher de l’objectif de 7% d’incorporation en PCI" notent encore les magistrats de la rue Cambon.